از حساسیت ویژه ای برخوردارند تا آماده شدن مقدمات اجرای قانون نظام هماهنگ پرداخت، هیات وزیران تصویب کرده دستگاه هایی که دارای قانون خاص استخدامی هستند در سال 87 مطابق قوانین خاص خود درباره افزایش حقوق پرسنل تصمیم گیری کنند. در ضمن با موافقت معاونت نیروی انسانی رئیس جمهوری مجوز لازم برای هرگونه تصمیم گیری در خصوص پرداخت اضافات حقوق کارکنان به شرکت ملی نفت ایران واگذار شد و این شرکت مجاز است در سال 87 درباره افزایش حقوق ها تصمیم لازم را اتخاذ کند و مجوز آن برای قائم مقام وزارت نفت ارسال شده است.» با این تصمیم نهادهایی که قوانین استخدام خاص خود را دارند از جمله وزارت نفت می توانند برخلاف دیگر کارمندان دولت که تنها شش درصد اضافه حقوق در سال 87 با تاخیر داشته اند حدود 20 درصد اضافه حقوق داشته باشند. موسی الرضا ثروتی عضو کمیسیون برنامه و بودجه مجلس و عضو سابق کمیته لایحه مدیریت خدمات کشوری با اشاره به غیرقانونی بودن استثنای وزارت نفت از قانون خدمات کشوری گفت: «این موضوع اواخر دوره مجلس هفتم نیز عنوان شد اما با توجه به غیرقانونی بودن این درخواست همان موقع نیز مجلس به خصوص کمیسیون اجتماعی موضع گرفت و اعتراض خود را اعلام کرد.» وی افزود: «نامه ای به عنوان اعتراض به ریاست وقت مجلس نیز تقدیم شد که در آن گوشزد شده بود که استثنا شدن وزارت نفت از قانون خدمات گوشزد خلاف قانون است و حتی اگر دولت اقدام به نقض قانون کند مجلس نباید نسبت به این موضوع بی اعتنا باشد.» ثروتی خاطرنشان کرد: «به جهت اینکه هیات تطبیق مصوبات با قوانین در مجلس زیرنظر هیات رئیسه است، بنابراین نامه های اعتراض باید به هیات رئیسه و خطاب به ریاست مجلس نوشته می شد.» وی افزود: «چند روز پیش نیز با توجه به طرح دوباره این موضوع در مجلس باز هم نامه ای از روی اعتراض و تذکر به ریاست مجلس ارائه شد.» عضو کمیسیون برنامه و بودجه یادآور شد: «امیدواریم که مجلس و به خصوص هیات رئیسه هرچه سریع تر نسبت به این رفتار واکنش نشان دهد چرا که بی تفاوتی به این موضوع به معنای نقض قانون توسط مجری و بی تفاوتی قانون گذار به نظارت بر اجرای قانون است و از همه بدتر آنکه این موضوع موجب بدعت گذاری و آغاز تخلف دیگر ارگان ها از این قانون است.» وی افزود: «این تصمیم خلاف آشکار قانون است. سه روز پیش نیز این موضوع با آقای عزیزی معاون منابع انسانی رئیس جمهوری نیز مطرح شد اما همان زمان به صراحت با این طرح مخالفت شد و به هیچ وجه قرار نبوده که این تصمیم اجرا شود و مجلس به طور کامل از تصمیم جدید دولت مبنی بر استثنا شدن وزارت نفت از قانون خدمات کشوری به طور کامل بی اطلاع است.» سال گذشته به دنبال انتشار برخی خبرها در مورد استثنا یا عدم استثنای وزارت نفت، بهرامی رئیس کمیسیون ویژه مدیریت خدمات کشوری در پاسخ به پرسش خبرنگار اعلام کرد: «در متن قانون مدیریت خدمات کشوری آمده است که استخدام سال های گذشته و قبل از اجرای قانون مدیریت خدمات کشوری، مشمول کاهش حقوق نمی شوند و ضرایب مطرح شده مانع از کاهش حقوق آنها می شود بنابراین کارکنان وزارت نفت نباید نگران کاهش حقوق خود بعد از اجرای قانون مدیریت خدمات باشند.